7 maja 1836 roku rada Gromadzka zakopanego wystąpiła do urzędów CK Galicji z podaniem o przeprowadzenie misji przez oo. Jezuitów z Nowego Sącza oraz o założenie nowej parafii, z powodu zbyt dużej rozległości parafii zakopiańskiej. Jeszcze tego samego roku odbyła się wizytacja biskupa Franciszka Ksawerego. Po misjach Jezuici przedstawili konieczność utworzenia parafii biskupowi ordynariuszowi w Tarnowie. Parafię ustanowiono w 1845 roku.
Z powodu powstania galicyjskiego i chochołowskiego dopiero w 1848 roku dokonano oficjalnie instalacji kanonicznej Ks. Józefa Stolarczyka przy starym kościółku św. Klemensa w Zakopanem. Kościelisko jako gmina wchodziło wówczas w skład parafii Chochołów.
Dopiero w latach 1910-1916 powstało samodzielne duszpasterstwo w Kościelisku pod wezwaniem św. Kazimierza. Obejmowało ono obszar: Krzeptówki – Sobiczkowa – Kiry – Witów – Roztoki. Po dopełnieniu wymagań prawnych kardynał Puzyna utworzył parafię Kościelisko, a po 1918 roku ostatecznie zatwierdziło ją Ministerstwo Wyznań religijnych i Oświecenia w Warszawie oraz wojewoda krakowski.
Organizację beneficjum parafii zajął się Ks. Prałat Kazimierz Kaszelewski, drugi proboszcz zakopiańskiej parafii; przyjaciel Stanisława Witkiewicza. Ks. Kaszelewski był pomysłodawcą jubileuszowego krzyża na Giewoncie. Wraz z Komitetem Kościelnym wybrał na lokalizację kościoła polanę Pitoniówkę przy starej drodze Gubałówka – Dolina Kościeliska. Grunt pod budowę ofiarowali Jan Pitoń i Jędrzej Pitoń.
Inż. Eugeniusz Wesołowski, uczeń Witkiewicza, zaprojektował kościół w stylu zakopiańskim. Drewno na budowę ofiarował ze swojego lasu hrabia Władysław Zamoyski. Prace budowlane rozpoczęto w 1908 roku. Kościół na planie krzyża mieści dwie kaplice, prezbiterium, chór, dwie zakrystie, posiada wieżę i sygnaturkę.
Witraże projektował bratanek Jana Matejki – Stefan Matejko. Wykonane zostały przez słynną krakowską pracownię Żeleńskich. Przedstawiają: Matkę Bożą – ufundowały Marie z parafii, św. Jana – ufundowali Janowie z parafii, św. Anny – ufundowały Anny z parafii oraz św. Józefa – ufundowali Józefowie z parafii.
Obraz Jezusa Miłosiernego:
Pędzla Adama Hyła – twórcy obrazu w Sanktuarium w Krakowie Łagiewnikach.
Obraz Chrystusa w pasiaku:
Obraz nieznanego malarza włoskiego, więźnia, namalowany w obozie koncetnacyjnym w Oświęcimiu. Artysta nie dożył chwili oswobodzenia, ale dzieło ukrywane starannie dotrwało do dziś. Obraz przyniósł do kościoła współwięzień obozu Ks. Adam Ziemba, proboszcz kościeliskiej parafii. Niemcy wykorzystywali talenty więźniów; artysta więzień malował funkcjonariuszom obozowym portrety, pejzaże… i mając dostęp do farb namalował Chrystusa w pasiaku. Obraz jest kopią fragmentu słynnego poliptyku Mateusza Grunwalda “Ukrzyżwanie”